《最高指挥官》背景故事
在地球帝国“量子世纪”中的2018年，地球科学家开始进行一种名为“量子通道”的试验。通过这种方式，物体可以被传输到很远的地方。但是这一技术的消耗也是相当惊人的。起初，一条量子通道就需要使用25座核裂变反应堆电源供应能源。在这一技术得到广泛应用之前，地球帝国将更多注意力集中到传统的空间旅行上。但由于宇宙船的飞行速度不能得到大幅度提升，星系探索活动一度处于停滞之中。为了解决这方面的问题，地球科学家不断改良“量子通道”技术，并最终使其完美实现了单个铯原子的试验室传输。不久之后，第一次实用级别的传输试验将1毫克铁传输到了火星。在获得这些成功之后，科学家开始沿着“昆虫-老鼠-猿猴”这条食物链进行扎实的传输试验。第一次人类传输试验在2062年开始。通过这个试验，科学家将一队星际探险队员传输到海王星的卫星——Triton——上。而这次试验所用的时间是0.26秒。
此后，通过架设星际传输通道网络，地球帝国慢慢开始了对银河系的大规模星际殖民。在2284年之前，地球帝国已经建立了16个殖民地。在2317年之前，这16个殖民地也开始了自己的殖民活动。在超过210年之后，110个殖民地开始了进一步的扩张。此时，地球帝国还未发现任何的外星生物。
此前我们为大家介绍了地球联邦(UEF)和Cybrans种族。今天我们给大家讲述的是游戏中的最后一方势力——诡异的Aeon。
在第二次银河系殖民中，一支考察行星Seraphim II的远征队，在与总部失去联络数周之后被认为已失踪。奇怪的是，在地球帝国派出的第二支队伍再度踏上这个行星后，他们也同样神秘地失踪了！于是，在地球帝国银河系殖民地图上，这个区域被标注为“危险区域”，并将其列入了在时间和能力允许时实施进一步调查的名单之中。
出乎地球人意料之外的是，考察队在这个地区上最终发现了外星生命。不过殖民军指挥官并未打算通过和平方式接纳这些外星生物，而打算通过战火来“清洁”这颗行星。为了保护地球帝国不受这个新发现物种的威胁，这位固执的指挥官还切断了所有与地球的联系，并向外星人隐瞒了地球的星际位置。
在对外星种族——Seraphim——的大战爆发后，地球帝国殖民军中的一名叫做Sarah的生物学家背着指挥官私下与外星人进行了接触，希望通过和平方式结束争端。通过这次接触，Sarah发现这些外星人天性爱好和平，并获得了他们的信任。但是带着和平信息回到殖民军的Sarah，并未收到到预期的效果。偏执的殖民军指挥官责备她已被Seraphim种族洗脑，并且加强了对外星人的进攻。在生死面前，Sarah和Seraphim们别无选择，而只能拿起武器进行抵抗。在战争的最后，残忍的指挥官向行星大气投放了一种对外星人致命的生化战剂。最终，他的目的得逞了。这颗无辜的行星和所有的外星人都葬身于战火之中。但就在死亡降临之前，外星人将自己多年积淀的知识和技术一一教授给了Sarah和所有同情Seraphim种族命运的地球人，希望能够通过他们的手将自己的文明发扬光大。
在这些科技中，包括一种叫做“预见力”的技能。Seraphim虽然预见到了自己和行星的悲惨命运，并拥有改变这一切的能力，但出于保护未来的纯洁，他们忍受了这种无辜的屠戮。因为地球人和Seraphim人在大脑构造方面的差异，Sarah及其拥护者只获得了有限的“预见力”。这些继承Seraphim文明衣钵的地球人，依靠学到的技术建设自己的家园，并将“与人为善”的Seraphim精神作为自己的信仰。
在第一次银河系殖民120多年之后，地球帝国最终了解到这支继承外星人文明的地球种族的存在。来自这个种族的代表，向地球帝国阐述了多年前邪恶的殖民军指挥官是如何摧毁Seraphim种族的以及这些和善无辜的外星人是如何将科技无偿传授给他们的。他们宣布，他们将发展并和帝国分享这些技术，以防悲剧再度降临。与Sarah的预期相反，地球帝国将整个Seraphim II都设定为“隔离区”，并且派遣所有殖民地指挥官到那里去平息这一当时看来对帝国最大的威胁。
很久后的某一年，地球帝国在受到“隔离区”周围殖民地指挥官发出的神秘讯息之后，就失去了和他们的联系。而这些信息都显示，他们遭到了攻击！由于没有进一步联系，地球帝国认为事态已经非常危险。就在这一年年底之前，地球帝国与“隔离区”周围10光年范围的所有殖民地都失去了联络！！地球帝国通过支离破碎的视频录像发现，失去联系的殖民地中出现了得到不同寻常改造的装备。在外交努力失败之后，该地区的所有殖民地指挥官都被命令摧毁通往“限制区”的量子隧道大门，以孤立这个帝国的新对手、一个全新的种族——Aeon。
在Cybrans种族的兴起以及因此发生的人机共生体暴动的威胁下，帝国与Aeon达成了短时间的妥协。但帝国不得不将派往“限制区”的殖民军撤回。经过五年的平静之后，帝国殖民军和Aeon种族再度交手。虽然帝国军在开始遭受了巨大的损失，但最终还是抵抗住了Aeon的攻击。长久以来Aeon种族和“限制区”受到来自地球帝国的威胁也因此消失。
曾经存在了数百年的地球帝国，在遭受Aeon和Cybran两大种族的分裂战争之后，最终蜕变成了地球联邦。历史回溯到殖民地时代之前，那时的地球帝国科技落后且势力平庸。随着科技的发展、欲望和野心的不断膨胀，帝国的疆域不断扩展直至银河系的最深处。不过随着势力的不断增强，统治阶层并未处理好帝国内部的问题，并最终使国家陷入了混乱和内战之中。
统治核心的最后部分、还在支撑摇摇欲坠帝国政权的军方，最终毁灭了这个庞大国家。但他们也成功地在混乱中不断积攒力量，并最终决定打出帝国的旗号而建立一个全新的国家。作为地球帝国的后继者，地球联邦继承了帝国荣耀，并且将手足之情、荣誉和传统美德作为自己的理想。为了获得足够的支持，地球联邦宣布通过构建全新的、共同的理想来从根本上消除由于个人野心而造成的贪婪和腐败——导致地球帝国覆灭的最终原因。
地球联邦的统治者是坦率、有进取心和崇尚独裁统治的。他们认为保持银河系的秩序和普通价值观是非常必要的。他们尝试着重建连年战乱毁灭的帝国。对昔日残酷
战争仍旧记忆犹新，地球联邦的领袖们能够在使用最终打击手段之前保持清醒的头脑。联邦的领导人的重点仍旧是军队，而他们的基本价值观也是绝对地服从命令。为了提升军队的实力，地球联邦毫无顾忌地使用基因技术在内各种技术，以实现更大的胜利。因此，联邦军队仍旧在使用数目庞大的人机混合体。这些生物更是在殖民地中扮演了各种各样的角色，从普通的家仆到技师和科学家。
在开发团队——Gas Powered Games笔下，《最高指挥官》的背景故事绵延了数百年之久。在早些时候公布的故事中，我们提到了作为原始地球帝国的继承者——地球联邦的崛起。与此同时，最初的帝国也在地球联邦的崛起中慢慢衰落。地球帝国的衰落，始于电子设备工程师Gustaf Brackman博士首度将电子智能和人类成功结合的2592年。这一科技突破催生了在思维和行动能力上远超人类的全新人机共生体。在此后广泛使用中，这种人机共生体凭借其过人的思考能力，逐步担任了帝国社会和军队很多领域中至关重要的角色。
不幸的是，短视的政府觊觎霸占这种人机融合技术。这项技术的发明人——Gustaf Brackman博士，被迫秘密地为当时每一台人机共生体A.I.系统中安装了一种“忠诚”程序。如此这般，帝国政府就可以通过该程序控制每一个人机共生体。Gustaf Brackman博士也因此获得了一份相当丰厚的报酬，并获得到一个遥远星球创建一个效忠帝国的人机共生体殖民地的任务。 这些依靠通过技术输出的拓荒者在星球上站稳脚跟之后，决定脱离帝国实行自治。
虽然这个举动并非是反抗帝国的革命，但Gustaf Brackman博士还是平静地向统治者请求独立。由于地球帝国不愿意让渡对人机融合技术的控制权，因此这个请愿没有得到通过。更糟的是，帝国还派出了军队来镇压这一被认为是造反的举动。
在即将遭受入侵的时候，Gustaf Brackman博士宣布殖民地脱离地球帝国独立，并且把自己和所有人机共生体命名为Cybrans种族。在抵抗镇压的过程中，Cybrans以其非凡的能力大规模歼灭了入侵的帝国军。而且，Cybrans的反抗最终导致了银河系所有人机共生体的“觉醒”。在内外交困中的地球帝国政府，宣布进入紧急状态并激活了此前植入人机共生体体内的“忠诚”程序。
“忠诚”程序起到了作用，Cybrans种族的反叛也因此被终结。曾被唤醒的人机共生体，再度回到了帝国的各个角落。但是，自由的火种并未因此熄灭。Gustaf Brackman博士与一些未被植入“忠诚”程序的人机共生体，成功逃离了了帝国的镇压，并开始秘密组建一个全新的殖民地以延续Cybrans种族。
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